Successivamente afferma che un nuovo monastero fu realizzato, verso il 1442 per opera di Mons. Giovanni Ebo, vescovo di Crotone, il quale ne ebbe l’approvazione da re Ferdinando nel 1446; Felice Gaetano, Gustavo Valente e altri fanno risalire la sua fondazione intorno al 1481, seguendo la tesi riportata nell’opera “Calabria Illustrata” di Giovanni Fiore. La tesi più attendibile è quella di Silvano Controne, padre stimmatino del monastero crotonese. Egli fa risalire la sua fondazione alla fine del 1300, rifacendosi sia alla coeva costruzione di altri monasteri delle clarisse in Calabria, sia alla bolla di Pio II, in cui si ordinava di trasferire i padri Domenicani nel monastero di Santa Chiara.
Ciò fa supporre a padre Controne, che la data di fondazione debba risalire al 1390 e non al 1442, poiché sembra improbabile che il monastero fosse caduto in disgrazia solo dopo dodici anni. D’altro canto però anche l’interpretazione della bolla lascia molti punti oscuri. Secondo l’archivio storico dei Domenicani a Roma, nel 1488 il monastero è ancora incompiuto, mentre in un’altra nota si afferma che nel 1519, i Domenicani non erano ancora nel monastero di Santa Chiara. In ogni caso la presenza dei frati in Santa Chiara, è attualmente testimoniata dalla presenza di due tele, raffiguranti San Domenico e San Vincenzo, poste in alto nelle lunette del presbiterio. Nel 1590 nel convento vi sono nuovamente le clarisse e da questo momento in poi, la vita del chiostro è fiorente, come testimoniano le relazioni ad Limina. Solo dopo l’unità d’Italia comincia il declino di Santa Chiara e dopo alterne vicende le clarisse abbandonano definitivamente il convento.
Attraverso i secoli, così come il monastero, anche la chiesa fu ampliata e restaurata, fino a raggiungere la forma attuale, per cui si ama definirla “Bomboniera di Crotone” per l’eleganza delle linee, gli elementi decorativi e l’armonia dei colori. Essa fu terminata e consacrata dal vescovo di Crotone G. Capocchiani il 31 ottobre 1774.