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Sorto probabilmente al principio del IX secolo d.C. per difendere la città dalle incursioni saracene e radicalmente ristrutturato durante il regno di Carlo V, il castello di Crotone rappresenta un esempio unico tra le fortezze medievali e rinascimentali, poiché mostra con evidenza le trasformazioni intercorse nell'architettura militare con il passaggio dalla difesa piombante (torri circolari che guardano verso l'entroterra) alla difesa radente (bastioni prospicienti il mare).
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Nella sua forma attuale il possente fortilizio bastionato a pianta poligonale costituisce una delle più importanti e massicce costruzioni militari dell'Italia Meridionale. Esso rappresenta una tipologia unica, essendo eccezionalmente arroccato non già in cima ad un'altura, ma intorno al colle, che esso ingloba e racchiude nella sua interezza probabilmente sul medesimo sito dell'acropoli dell’antica città greca (Colle Cavaliere).
Della rocca fortificata non si ha però notizia fino all'840 d.C., quando in occasione di una scorreria delle orde musulmane che avevano conquistato Taranto e occupato Santa Severina, queste, cintala d'assedio, tentarono più volte ed invano di espugnarla. Quasi un secolo dopo, nel 931, i Saraceni faticosamente conquistarono la città e ricostruirono le sue mura, mantenendovi una flotta. Il porto di Crotone, infatti, era un comodo rifugio e la posizione della città politicamente e strategicamente importante, perché costituiva, per le armate orientali, una porta di accesso alle terre italiane.
Nel secolo XI, i Normanni riuscirono a conquistare la città e nel 1140 il castello di Crotone risulta essere tra i 75 castelli allora esistenti nel Registro delle terre dei vassalli di Ruggero II. Federico II di Svevia fortificò il sistema dei reali castelli e anch’egli curò il castello e il porto di Crotone, in virtù della particolare posizione strategica della città. Gli Angioini, succedutisi agli Svevi, provvidero alla difesa militare della Calabria mediante i reali castelli, che erano affidati ai castellani. Così Carlo d'Angiò tra 1270 e 1271 ordina di riparare le torri del castello che vennero chiamate: Mamunela, Barbacana, Triangula, Thesauro, Turricella e Turris "Ante Hostium".
Alla fine del '400, sotto il re Alfonso d'Aragona, due delle torri antiche vengono inglobate in torrioni cilindrici. Iniziarono così lavori di riparazioni delle regie fabbriche delle mura e del castello, che continuarono per oltre un secolo.
Ma è nel 1541, sotto l'impero di Carlo V che, acquisita la città al Demanio Regio, il Viceré spagnolo Don Pedro da Toledo fece ricostruire il Castello nelle attuali forme, sul sostrato dell'antica fortezza pentagonale con cinque torri circolari, dando incarico agli architetti militari Giangiacomo D'Acaja e Giovanni Maria Buzzacarino. Parte dell'antico castello fu rinchiuso nel nuovo, a pianta quadrangolare, e soprattutto ne fu modificato l'aspetto mediante l'inserimento delle preesistenti torrette angolari in due bastioni pentagonali ritoccati e speronati (San Giacomo e Santa Caterina), uniti a due torrioni cilindrici da enormi muraglie a cortina cordonata.
Seppure di rilevante importanza nella storia della città, con il perfezionamento delle armi da guerra, il castello perse la sua valenza strategico-militare e nel corso del XIX secolo venne parzialmente smantellato nella parte superiore, anche a seguito di danni subiti per i frequenti terremoti. Vennero così demoliti i quartieri dei soldati, siti sulla cortina di sud-est, con la chiesa di San Dionigi e la torre Marchesana, sempre emergente nel panorama cittadino dell'epoca.
